Selain fokus pada kegiatan akademik, MTs. Normal Islam Samarinda juga memberikan kesempatan bagi siswa untuk mengembangkan minat dan bakatnya melalui berbagai kegiatan ekstrakurikuler. Ekstrakurikuler (ekskul) adalah kegiatan non-akademik yang diselenggarakan di sekolah di luar jam pelajaran. Kegiatan ini bertujuan untuk mengembangkan minat, bakat, dan potensi siswa di berbagai bidang dan untuk membentuk siswa yang tidak hanya cerdas secara intelektual, tetapi juga memiliki keterampilan dan kepribadian yang baik. MTs. Normal Islam Samarinda menawarkan beragam pilihan ekstrakurikuler yang dapat diikuti oleh siswa sesuai dengan minat dan bakatnya. Berikut adalah beberapa di antaranya :
1. Bulu Tangkis Putra
2. Bulu Tangkis Putri
3. Futsal Putra
4. Futsal Putri
5. Habsyi Putra
6. Habsyi Putri
7. Bola Voli
8. Arabic Club
9. English Club
10. Math Club
11. Sains Club
12. Paskibra
13. Silat
14. Teater
15. Tari
16. Pramuka
17. Paduan Suara